第三次全国农业普查共设6张普查登记表，包括农户普查表、规模农业经营户普查表、农业经营单位普查表、行政村普查表、乡镇普查表和农作物面积遥感测量实地调查表。
主要包括以下内容：
（一）农业从业者情况；
（二）土地利用和流转情况；
（三）农业新型经营主体情况；
（四）农业现代化进展情况；
（五）农业生产能力和结构情况；
（六）粮食生产安全情况；
（七）农产品销售与农村市场建设情况；
（八）村级集体经济与资产状况；
（九）乡村治理情况；
（十）乡镇社会经济发展状况；
（十一）农民生活状况；
（十二）建档立卡贫困村与贫困户情况；
（十三）主要农作物种植等空间分布情况。